Kiến trúc Phật giáo thời Trần tăng lên nhanh chóng về số lượng và mở rộng quy mô, cũng như địa bàn đáng kể. Hoàng tộc và quý tộc thời Trần đều tôn sùng đạo Phật, thậm chí còn sáng tạo ra các trường phái tu tập, thiền định. Đặc biệt, phái Trúc Lâm Yên Tử đã tạo ra một loạt các trung tâm Phật giáo mới ở địa phận ngày nay là các tỉnh Hải Dương và Quảng Ninh. Quê hương các vua Trần tại Thái Bình và Nam Định cũng xuất hiện một loạt các kiến trúc nguy nga đồ sộ nằm trong quần thể hành cung - lăng mộ của nhà Trần. Tình trạng xây dựng nhiều chùa tháp bấy giờ khiến (nhà nho) Lê Quát phải viết trên bia chùa Thiệu Phúc (Bắc Giang) như sau[28] :

Trên từ vương công, dưới đến dân thường, hễ bố thí vào việc nhà Phật thì dẫu hết tiền cũng không xẻn tiếc. Nếu ngày nay gửi gắm vào tháp chùa thì mừng rỡ như nắm được khoán ước để lấy quả báo ngày sau. Cho nên trong từ kinh thành, ngoài đến châu phủ, cho tới thôn cùng ngõ hẻm, không mệnh lệnh mà người ta vẫn theo, không thề thốt mà người ta vẫn tin. Chỗ nào có người ở, tất có chùa Phật, bỏ rồi lại xây, hỏng rồi lại sửa, chuông trống lâu đài chiếm đến nửa phần so với dân cư.

Tuy nhiên, triều Trần trải qua ba lần kháng chiến chống Nguyên Mông và 30 năm chiến tranh với Chế Bồng Nga đã khiến gần như toàn bộ các công trình kiến trúc bị tàn phá. Đặc biệt, cuộc kháng chiến chống Minh của nhà Hồ thất bại khiến cho trong hơn hai muơi năm quân Minh đã tàn phá tất cả những công trình đồ sộ nhất, kết thúc với việc Vương Thông bị vây ở thành Đông Quan đã phá hủy nốt An Nam tứ đại khí là những tác phẩm nghệ thuật Phật giáo đỉnh cao nhất của thời Lý - Trần.[29]

Kiến trúc Tháp thời Trần là một sự tiếp nối kiến trúc Tháp thời Lý, tuy nhiên tháp thời Trần là một thành phần tương đối độc lập với ngôi chùa, không còn liên kết chặt chẽ như chùa - tháp đá thời Lý. Tháp thời này chỉ là kiến trúc đứng độc lập trong tổng thể chùa. Kiến trúc chùa cũng biến đổi từ nhấn mạnh theo chiều cao, chuyển sang trải dài theo chiều ngang. Có sự phân chia rõ rệt giữa chức năng thờ Phật và chứa xá lợi của tháp vì đa số tháp thời Trần là tháp mộ nhỏ, chủ yếu là để chứa Xá lợi hoặc mộ của các cao tăng. Lòng tháp nhỏ hẹp, không còn không gian thờ Phật, mặc dù có đặt tượng trong lòng tháp[7]. Tháp mộ thời Trần còn lại khá nhiều ở hệ thống chùa phái Trúc Lâm tại Hải Dương - Quảng Ninh (chùa Côn Sơn, chùa Thanh Mai, chùa Quỳnh Lâm, chùa Hoa Yên).

Kiến trúc tháp cao tầng chỉ còn sót hai hai tòa tháp là Tháp Phổ Minh và Tháp Bình Sơn, cũng là hai tòa tháp dựng bằng gạch có niên đại sớm nhất tại Việt Nam hiện nay.

Tháp Phổ Minh

Tháp Phổ Minh thờ xá lợi của vua Trần Nhân Tông dựng năm 1305 có 14 tầng, cao 21,2 m trên mặt bằng bố cục vuông. Cạnh đấy của đế là 5,21 m, các tầng trên đều trổ bốn cửa cuốn tò vò. Tầng dưới cùng bằng đá cao 2,2 m, cửa rộng 0,77 m, cao 1,09 m. Ban đầu 13 tầng bên trên được xây bằng gạch trần, sắc đỏ au. Một thương gia giàu có đã bỏ tiền trát vữa lên 13 tầng đó. Các chạm khắc trên tháp điển hình cho nghệ thuật trang trí thời Trần.[30]. Các nhà nghiên cứu đã phát hiện ra ba tầng trên cùng xây sau thời Trần và cho rằng tháp thời Trần chỉ có 11 tầng. Đối chiếu với Niết bàn kinh (quyển 41) quy định: tháp thờ Xá lị Phật 13 tầng, Bích chi phật 11 tầng, A la hán 5 tầng, và cho rằng Trần Nhân Tông đã tu hành tới bậc Bích chi Phật nên có lẽ tháp ban đầu có 11 tầng[31].

Tháp Bình Sơn

Tháp Bình Sơn là di tích cuối cùng còn lại của chùa Vĩnh Khánh (Lập Thạch, Vĩnh Phúc). Tháp xây bằng gạch trần, có kết cấu tháp vuông, càng lên cao càng nhỏ dần với các tầng 4 mặt trổ cửa cuốn và nhô diềm mái tương tự Tháp Phổ Minh. Nhiều đợt trùng tu làm xáo trộn gạch ở các tầng. Ở tầng 9 có viên gạch đề "thập tam tằng" (tầng 13). Hiện tháp chỉ còn 11 tầng, cao 15 m. Cạnh đáy 4,45m, cạnh tầng cao nhất (tầng 11) là 1,15 m. Khối trụ tháp lòng rỗng, xây bằng gạch khâu loại vuông (22 x 22 cm) và loại dài (45 x 22 cm).

Ở các tầng xây nhỏ dần 5-6 hàng gạch tạo diềm mái và thế cân bằng. Kết cấu trụ có mộng chốt, cá chì và keo vữa kết dính. Gạch ốp ngoài tháp có kích thước 46 x 46 cm dàn hàng bọc kín tháp. Tháp phủ kín hoa văn trang trí như rồng thời Trần, lá đề, sư tử hí cầu, hoa dây.[30]

Tháp gốm men chùa Trò

Tháp gốm men chùa Trò là di vật còn sót lại của chùa Trò (tên chữ là Đại Phúc Tự), huyện Yên Lạc, Vĩnh Phúc. Tháp không phải công trình xây dựng mà là đồ thờ tự nên vốn được đặt trước cửa chùa. Đây là ngôi chùa cổ, tương truyền được xây dựng từ thời Lý - Trần. Năm 1954, ngôi chùa bị quân Pháp đốt cháy, đồ thờ tự bị thất tán; cây bảo tháp được giấu xuống ao. Khi hòa bình lập lại, nhân dân đã trục vớt lên, chuyển cho Bảo tàng tỉnh Vĩnh Phúc lưu giữ[32].

Tháp gốm men chùa Trò là hiện vật gốc, độc nhất vô nhị, có hình thức độc đáo, đại diện cho nghệ thuật Đại Việt thời Trần. Về kích thước, đây là tháp thờ bằng gốm men lớn nhất, nguyên vẹn nhất có trong kho tàng gốm cổ Đại Việt. Trong khi tháp gốm men trắng hiện đang trưng bày tại Bảo tàng Lịch sử Quốc gia chỉ còn lại bốn tầng và bệ, đã bị bong men hầu như toàn bộ. Cây tháp men ngọc Việt Nam, lưu giữ tại Bảo tàng Adam Malik, Jakarta (Indonesia) cũng chỉ còn lại phần chân đế. Những phát hiện khảo cổ học tại các phế tích chùa - tháp thời Lý - Trần cũng chỉ là những mảnh vỡ, có số lượng rất ít. Những ghi chép trong “Đại Việt sử ký toàn thư”, “Việt sử lược” đã chỉ ra rằng, năm 1105 (thời Lý Nhân Tông), ngay cả một Quốc tự như chùa Diên Hựu ở Thăng Long cũng chỉ có hai cây bảo tháp nhỏ bằng gốm trắng, đặt thờ trước sân chùa. Điều đó phản ánh sự quý hiếm của loại hình tháp gốm này tại Việt Nam[32].

Tháp hiện còn 9 tầng, lòng tháp rỗng. Về màu sắc men gốm, tháp sử dụng ba màu chính: men ngọc chủ đạo, men trắng làm nền, men nâu điểm xuyết. Đây là ba màu cơ bản của gốm men thời Lý - Trần. Đó là mốc đánh dấu cho điểm khởi phát của dòng gốm men đa sắc Việt Nam, làm tiền đề cho gốm tam thái, ngũ thái thời Lê sơ, Mạc, Lê Trung hưng, Tây Sơn và Nguyễn sau này[33]. Tháp có dạng một khối hộp hình vuông, rộng ở đế và thu nhỏ dần về phía đỉnh. Bốn mặt các tầng tháp đều có cửa hình tò vò. Tính từ đế lên tới đỉnh, tháp được làm thành ba thớt, tương ứng với ba phần, trang trí dày đặc và vô cùng tinh xảo:

• Đế tháp: được tạo bốn khối tương tự nhau, sau đó ghép lại thành một khối hộp vuông vững chãi. Trên đế có hai băng hoa văn trang trí hoa văn cánh sen, cúc dây.
• Bệ tháp: là một khối hộp hình vuông, có 4 chân quỳ ở 4 góc. Các chân quỳ trang trí hình lá đề với kỹ thuật khắc nổi, nét sâu, thô, rồi được tô men nâu trên những gờ lá đề - phản ánh kỹ thuật đặc trưng và chủ đạo của gốm hoa nâu thời Lý - Trần - dòng gốm duy nhất, chỉ có ở Việt Nam từ thế kỷ XI đến thế kỷ XIV. Thân bệ tháp chia thành hai phần, phần trên giật cấp thu nhỏ hơn phần dưới. Phần dưới của bệ tháp là hai băng hoa văn cánh sen kép men ngọc, đúc nổi, được bố cục hai lớp xen kẽ, úp - ngửa, ngược chiều nhau. Phần trên 4 mặt được tạo 4 hình bầu dục, trong chạm nổi hoa lá dây, sừng tê, ngọc báu. Tất cả tổ hợp hoa văn trên đều được phủ men nâu, trên nền trắng, khiến cho họa tiết chính được hiển lộ rõ ràng.

• Thân tháp cũng là một khối hộp vuông, được làm rời nhau, nay còn lại 9 tầng.
  • Tầng thứ nhất có kích thước lớn hơn cả và cũng là tầng gây ấn tượng khác biệt so với những tầng trên. Tính từ dưới lên gồm 2 phần:
    • Phần thứ nhất: Có 4 cửa, bố trí ở chính giữa 4 mặt. Vòm cửa hình tò vò, có mí ở phía trên, trang trí hoa văn xoắn móc. Trước mỗi cửa tháp có hai vị kim cương, trang bị giáp, kiếm chỉnh tề, đứng hai bên, làm nhiệm vụ canh giữ cho ngôi bảo tháp. Tường của tháp nổi bật là mảng hoa văn hai bên cửa, với họa tiết rồng giáng (rồng có đầu quay xuống, đuôi quay lên) đặc trưng thời Trần trên nền men trắng. Trên cửa là hệ thống con sơn chồng đấu được phủ men nâu, đỡ bên dưới là những đấu lớn phủ men trắng. Bốn góc là con sơn năm đấu, giữa là con sơn ba đấu tạo thành 16 con sơn quanh mái tháp. Xen kẽ con sơn là lá đề men ngọc, trong lòng lá đề là tượng phật trong tư thế thiền định.
    • Phần thứ hai: giả mái rồi liên kết với phần dưới, qua hình ảnh 12 Kinnari (tượng đầu người mình chim) bốn góc và bốn mặt. Đệm giữa các Kinnari là cánh sen cách điệu, trong là hai chấm tròn nổi, trên to dưới nhỏ, cách điệu viên ngọc báu của đạo Phật. Phía trên của phần này đua ra ngoài, xung quanh trang trí băng hoa văn nổi, hẹp, đề tài rồng đệm tam giác, trong có hoa dây. Toàn bộ băng này được phủ men trắng, viền ngoài được phủ men nâu. Bên trên giật cấp, diềm tạo băng hoa văn lá đề men ngọc, trong lòng lá đề là tượng phật trong tư thế thiền định. Chính giữa các băng lá đề, ở bốn mặt là tượng phật ngồi thiền men trắng ngà. Tiếp đến là băng hoa văn những bông hoa cúc đắp nổi men trắng, phân bố đều nhau trên nền men nâu. Cuối cùng là băng lá đề men ngọc, bên trong là tượng phật trong tư thế ngồi thiền.
  • Tám tầng tháp bên trên tương đối giống nhau về phong cách kiến trúc và trang trí hoa văn. Mái lợp ngói ống được cách điệu thành những bông hoa cúc nổi 7 cánh phủ men ngọc. Trên đầu ngói ống là lá đề, bên trong là hình tháp nổi. Diềm mái phủ men trắng khắc chìm hồi văn chữ S gấp khúc - loại hoa văn thường gặp trên đồ đồng thuộc văn hóa Đông Sơn. Tất cả tầng tháp còn lại đều có 4 cửa, nhưng không có tượng kim cương trấn giữ. Thay vào đó là tám khung hoa văn nổi phủ men trắng trang trí tượng phật trong tư thế ngồi thiền. Tám khung hoa văn này được bố cục đối xứng qua cửa và được viền ngoài là khung men nâu.
  • 446 tượng Phật bố trí từ trên xuống dưới, tạo nên cảm giác tầng tầng, lớp lớp, bốn phương, tám hướng, đâu đâu cũng có hình ảnh đức Phật. Đây có lẽ cũng là chủ đích của các nghệ nhân, nhằm tạo nên một tác phẩm thờ tự mang đặc trưng của Phật giáo Thiền tông[34].

Mô hình tháp chùa Trò đã thể hiện chân thực nhất hình ảnh một ngọn bảo tháp thời Lý - Trần được xây dựng và trang trí như thế nào. Ví dụ hình ảnh Bát bộ Kim Cương trên tháp đã chứng minh rằng các tượng Kim Cương ở tháp Chương Sơn đúng là đứng canh cửa tháp, hay cấu trúc của một bảo tháp đúng là gồm phần đế (móng), bệ và thân tháp cao tầng, cũng như cách gắn ngói lá đề lên ngói ống xuất hiện đặc trưng và đồng nhất trên tất cả các kiến trúc Lý - Trần hiện khai quật được.